Вторник, 5 декабря 2000 года. Лаборатория аномальных материалов сектора C провела эксперимент с образцом кристалла GG-3883. Эксперимент создал каскадный резонанс, позволивший пришельцам из пограничного мира Зен проникнуть на Землю и атаковать персонал Чёрной Мезы. Военные пытаются убить всех выживших. Среда, 6 декабря 2000 года. Рано утром Гордон Фримен запустил ракету-спутник, разработанную комплексом Лямбда, чтобы остановить каскадный резонанс. Чёрные оперативники отправляются в Чёрную Мезу, чтобы ликвидировать всех оставшихся свидетелей, включая военных. Гордон двигается к комплексу Лямбда, а военные, неся тяжёлые потери, отступают с объекта и наносят авиаудары. Ближе к вечеру Гордон телепортировался в Зен, чтобы убить Нихиланта. Четверг, 7 декабря 2000 года. Утром капрал Адриан Шепард оказался в Чёрной Мезе. Раса X проникла в Чёрную Мезу через межпространственный разлом. Тем временем Чёрные оперативники готовятся взорвать ядерную бомбу, чтобы ликвидировать инцидент и всех выживших. Капрал Шепард победил огромного Геночервя Расы X и попал в стазис Джи-Мена. В полдень большая часть Чёрной Мезы уже разрушена ядерной бомбой. Тем временем в Зене раса вортигонтов освободилась от рабства, когда Гордон Фримен победил Нихиланта и попал в стазис к Джи-Мену. Воскресенье, 1 ноября 2020 года. Через 19 лет, 10 месяцев и 25 дней после окончания событий Half-Life Гордон вышел из стазиса. В Сити 17 он оказался в эпицентре рейда на многоквартирный дом, встретил Аликс Вэнс и сбежал в лабораторию доктора Айзека Кляйнера, скрытую в черте города. Он участвовал в телепортационном эксперименте, но питомец Кляйнера, Ламарр, прыгнул на Гордона, нарушив ход телепортации. Гордон на мгновения телепортировался в прилегающие к Сити 17 локации, включая кабинет администратора Земли Уоллеса Брина. Понедельник, 2 ноября 2020 года. Гордон вылез из Рейвенхольма. Его заставили спасти похищенного Илая Вэнса из тюрьмы Альянса — Нова Проспект. Гордон на внедорожнике поехал вдоль побережья к тюрьме и пробрался туда с помощью членов Сопротивления. Он прорвал внешнюю оборону Нова Проспект, управляя муравьиными львами. Вторник, 3 ноября 2020 года. Ранним утром 3 ноября Гордон сгруппировался с Аликс в Нова Проспект и узнал, что доктор Джудит Моссман - шпион Альянса. Доктор Моссман схватила Илая и телепортировалась в неизвестном направлении. Доктор Фримен и Аликс запустили телепорт, чтобы добраться до лаборатории Кляйнера в Сити 17. Пока они добирались в лабораторию, прошла неделя (хотя для них прошли секунды). Со среды, 4 ноября 2020 года, по вторник, 10 ноября 2020 года. Разрушение Нова Проспект разожгло Восстание, и Сити 17 стал зоной боевых действий между силами Сопротивления и солдатами Альянса. Вторник, 10 ноября 2020 года. Утром доктор Фримен и Аликс прибыли в лабораторию Кляйнера, где они узнали о текущих событиях и о том, что Илай Вэнс пленён в Цитадели. Гордон отправился в Цитадель. Среда, 11 ноября 2020 года. Гордон и Аликс сообщили Илаю Вэнсу и Айзеку Кляйнеру, которые находились в Белой Роще, что они попытаются остановить взрыв реактора темной энергии Альянса. Они делают это и эвакуируются из Цитадели ранним утром 11 ноября. Гордон и Аликс пробиваются через город и около полудня садятся на поезд до Белой Рощи.